COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 15.315158
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.356828
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.461653
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.474126
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.472115
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.451558
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.556542

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 4.321187 11.349520 8.775578
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 8.033360
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 7.518331
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 6.837172
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 6.319402
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 5.977995
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 5.683203

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 16.723914
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 17.077570
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.657056 17.231633
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 17.637818
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 17.734145
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 17.911696
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 18.043174

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.547432
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.617886
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 9.910893
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 10.066034
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 10.299626
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 10.379239
2021-01-25 17:00:00 24.909747 8.643006 10.654126

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 13.346884
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.119290
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.392558
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.203722
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 13.027366
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 13.146167
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.345394

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 32.047429
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 32.095908
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 32.107662
2021-01-28 17:00:00 17.187500 30.936659 31.898472
2021-01-27 17:00:00 23.868632 32.867856 31.408126
2021-01-26 17:00:00 32.021928 40.793292 31.054812
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 30.584863

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 20.559506
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 20.319229
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 19.285236
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 19.168154
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 19.079297
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 18.439268
2021-01-25 17:00:00 19.977925 52.924945 18.158542

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.861497
2021-01-30 17:00:00 5.807011 7.007389 6.920861
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.924415
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.740868 6.976376
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 7.027102
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 7.057979
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.370530 7.283798

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 16.821918 11.457361 10.611408
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 10.718042
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 10.796506
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.982964 10.768919
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.819821
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.677720
2021-01-25 17:00:00 14.682184 10.457025 10.894765

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 21.044107
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 21.053450
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 21.146372
2021-01-28 17:00:00 23.845731 23.845731 21.282671
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 21.300355
2021-01-26 17:00:00 28.107861 14.180309 21.313247
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 21.384677

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 14.155447
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 13.791188
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 13.497559
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 13.271511
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 12.853575
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 12.726886
2021-01-25 17:00:00 10.741139 21.858217 12.482678

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.158764
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 8.930280
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 8.829029
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.647548
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.420305
2021-01-26 17:00:00 3.398058 1.894452 8.221799
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 8.137532

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 33.865120 63.885089 79.545809
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 79.259055
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 80.005939
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 79.534569
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 79.156259
2021-01-26 17:00:00 157.464789 77.963738 80.177672
2021-01-25 17:00:00 56.980057 150.712251 79.258859

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN
2021-01-29 17:00:00 131.196581 131.196581 NaN
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 NaN
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 NaN
2021-01-26 17:00:00 39.949109 51.307190 NaN
2021-01-25 17:00:00 29.090909 56.137480 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 15.741897
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 15.794080
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 16.076863
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 16.130947
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.194226
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.069043
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.132481

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 99.165121 99.165121 31.668909
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 31.540832
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 31.378557
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 31.652963
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 31.594941
2021-01-26 17:00:00 19.046708 26.260227 31.217576
2021-01-25 17:00:00 19.049881 48.479810 31.010703

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 8.459514
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 8.428181
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 8.329699
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 8.116644
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.965489
2021-01-26 17:00:00 5.086620 5.086620 7.766633
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 7.826232

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 14.464646 18.474747 16.171159
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 16.377350
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 16.719624
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 17.021105
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.509748
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 18.177682
2021-01-25 17:00:00 16.993088 16.993088 18.664176

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 8.142151
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 8.198435
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 8.207219
2021-01-28 17:00:00 8.790586 8.790586 8.273592
2021-01-27 17:00:00 7.273254 7.273254 8.309175
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.265247
2021-01-25 17:00:00 13.422392 13.422392 8.364022

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 23.367589
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 23.695409
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 23.927293
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 23.936127
2021-01-27 17:00:00 23.029967 32.897344 23.912440
2021-01-26 17:00:00 18.771331 18.771331 23.713502
2021-01-25 17:00:00 38.150289 22.610442 23.093463

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 11.065214
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 11.104813
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 11.823548
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 12.632737
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 13.075693
2021-01-26 17:00:00 1.941748 1.941748 13.729791
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 14.276975

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 27.746150
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 28.325275
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 29.105879
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 29.516425
2021-01-27 17:00:00 57.071070 34.100492 30.297765
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 30.742639
2021-01-25 17:00:00 37.694484 18.728039 31.774578

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.321187 11.349520 8.775578
Basilicata 9.698997 9.698997 16.723914
Calabria 7.327259 7.327259 9.547432
Campania 11.434868 11.434868 13.346884
Emilia-Romagna 36.716504 36.716504 32.047429
Friuli Venezia Giulia 21.926910 21.926910 20.559506
Lazio 6.130144 6.130144 6.861497
Liguria 16.821918 11.457361 10.611408
Lombardia 19.527431 19.527431 21.044107
Marche 14.416567 14.416567 14.155447
Molise 10.532276 10.532276 9.158764
P.A. Bolzano 33.865120 63.885089 79.545809
P.A. Trento 45.454545 45.454545 NaN
Piemonte 15.540150 15.540150 15.741897
Puglia 99.165121 99.165121 31.668909
Sardegna 9.090909 9.090909 8.459514
Sicilia 14.464646 18.474747 16.171159
Toscana 7.089241 7.089241 8.142151
Umbria 23.728814 23.728814 23.367589
Valle d'Aosta 15.533981 15.533981 11.065214
Veneto 21.573714 21.573714 27.746150

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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